El jefe de Gabinete, Marcos Peña, informó a la Cámara de Diputados que el submarino ARA San Juan tenía como tarea secundaria la de monitorear a buques y aeronaves de las Islas Malvinas y entregó un informe confidencial de la Armada Argentina con coordenadas que indicarían que la nave pudo haber estado a pocos kilómetros del archipiélago. 

Peña respondió a la pregunta 456 del informe 108, que envió a la Cámara de Diputados esta semana, que el objetivo primario del ARA San Juan "era la localización, identificación, registro fotográfico/fílmico de buques frigoríficos, logísticos, petroleros, buques de investigación de otras banderas, etc., que se encontraran realizando alijo con un buque pesquero". 

El funcionario agregó: "Como objetivos materiales secundarios de esta actividad se establecieron buques y aeronaves que operan desde las Islas Malvinas. Ello con el propósito de verificar el cumplimento de los convenios suscriptos por ambos países, en cuanto a la obligación de informar los movimientos de unidades en zonas particulares". 

La Armada y el ministro de Defensa, Oscar Aguad negaron en su momento que el submarino estuviera monitoreando las embarcaciones y aeronaves de Malvinas. En su respuesta, Peña adjuntó la Orden de Operaciones (OP) COFS N° 04/17 "C" que detalla la misión completa del ARA San Juan. 

Según publicó el diario La Nación, en ese informe de 8 páginas fechado octubre de 2017, al final de la última foja aparece una enmienda manuscrita que lleva la firma del Capitán de Fragata, Hugo Miguel Correa, Jefe de Operaciones y Guerra Acústica del Comando de la Fuerza de Submarinos de la Armada. Allí modificaba una de las cinco Áreas de Operaciones del ARA San Juan y que bautizaron como Alejandra, las otras cuatro zonas se llamaban: Alessia, Esperanza, Milagros y Juliana. 

Si se busca en un mapa una de las dos coordenadas manuscritas, 52° 00 S 57° 57 W, el lugar indicado para que opere el submarino es la costa de la isla Soledad, en Malvinas,cerca de Puerto Argentino. Cuando se ingresa la otra: 52° 20 S 57° 57 W, la ubicación del ARA San Juan es a unos 30 kilómetros, siempre en las cercanías de las Islas Malvinas. 

A principios de febrero se conocieron documentos, difundidos por el portal Infobae, que probarían que el submarino debía realizar tareas de inteligencia sobre la flota británica. Las sospechas fueron confirmadas luego de que saliera a la luz información que estaba archivada en el expediente que maneja la jueza de Caleta Olivia, Marta Yañez, a cargo de investigar qué pasó con el buque desaparecido.